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在日本打国内电话，常用的软件包括以下几种。

1、微信：可以拨打国内电话，但需要对方也是微信用户，且知道对方的微信号，微信也提供了语音通话功能，但需要网络连接。

2、支付宝：在支付宝应用中有一个“电话转账”功能，可以直接拨打国内手机号码，但同样需要网络连接，并且可能需要支付一定的费用。

3、运营商提供的国际长途电话服务：日本的电话运营商如NTT、KDDI等也提供国际长途电话服务，可以通过他们的网络拨打国内电话，具体费用和方法可以咨询运营商。

4、其他专门的国际长途电话软件：例如Skype等，也可以拨打国内电话，但需要对方也安装并使用相同的软件。

无论使用哪种方式，都需要确保遵守当地的通信法规，并且需要支付相应的费用，如果需要拨打国内电话，建议先了解清楚费用和使用方法，以避免不必要的麻烦，同时也要注意个人隐私和信息安全问题。